火影忍者水牢秘境攻略中需要解决的核心难题包括应对复杂的BOSS机制、躲避环境陷阱、处理多阶段战斗以及选择合适的战术策略。
第一个必须克服的难题是BOSS的特殊机制，战斗中绝对不能将BOSS打入两侧的水中，否则它会释放多次高伤害的水龙弹，虽然可以站在场地最上方的X轴或密卷出现的Y轴整列来完全规避，但这要求玩家对站位有严格的把握，同时BOSS每次倒地后起身都会召唤一只忍偶分身，这些分身会释放水龙卷干扰玩家，迫使玩家需要采用无限连招或队友技能互接的方式，尽可能不让BOSS落地，以控制战场局面。
第二个显著的难题是应对缓慢移动的水泡，这些水泡一旦触碰到玩家，就会造成长时间的浮空控制状态，期间只能依靠队友打破水泡来解救，这极大地限制了玩家的走位自由，并且在被控制期间，BOSS会持续回复生命值，因此玩家必须时刻留意水泡的移动轨迹，进行精细的走位躲避，尤其是在关卡中后期水泡出现频率增加时，需要与队友保持协作，随时准备救援。
第三个关键难题出现在BOSS血量降至约八条时触发的阶段转换，此时BOSS会进入短暂无敌状态并潜入水中，同时在场景左右两侧召唤数个忍偶小怪，并开始持续释放水泡，这个阶段需要玩家在躲避水泡的同时，迅速清理所有小怪，因为小怪同样具备攻击能力，处理不当极易导致团灭，许多攻略建议在此阶段前提前移动到左下角或右下角等位置，将小怪聚集后再使用范围技能高效击杀。
最后一个难题在于忍者选择和连招衔接的稳定性，为了应对BOSS落地召唤分身和避免其入水，通常推荐选用宇智波鼬、佩恩或宇智波止水等连招稳定、技能衔接流畅的忍者，通过技能与普攻的组合将BOSS持续控制在浮空状态，并精准计算伤害，在合适的时机（例如水泡飘至水边时）使用奥义技能，以求最大化输出并安全渡过BOSS的强力技能阶段。
