影之刃3在游戏后期为玩家提供了数个具有挑战性且奖励丰厚的新副本，这些副本是获取高级装备、刻印和心法材料的关键途径，也是检验玩家角色养成成果的试金石。后期的核心副本主要围绕高难度挑战、稀有装备掉落和特定资源获取展开，包括无尽劫境、极境试炼、里武林湮灭模式、虚空裂缝相关副本以及各类限时活动副本，它们共同构成了游戏终局玩法的重要内容。
无尽劫境是后期必刷的大型挑战副本，每层首通必定掉落宗师装备，玩家需要每天进行挑战以获取稀有装备。极境试炼则需要玩家挑战带有特殊标记的BOSS来获取代币，每周有获取上限，这些代币可以用于兑换高级装备部件等珍贵物品。里武林副本在开启湮灭模式后，其三钥匙副本能够产出如龙套等稀有装备套装，但需要玩家具备一定的战力基础。
开启这些后期副本通常需要满足一系列前置条件。最后一个副本明眸皓齿之境需要玩家完成谢园系列任务并击败最终BOSS谢回春，获得关键道具龙赐宝珠后才能解锁，该副本位于虚空裂缝的最后层，属于高难度挑战。部分副本如万魔罪体副本，其开启方式可能隐含在特定任务线中。而像正道陨落这样的限时副本，则只在每周的特定日期开放湮灭难度，需要玩家合理安排游戏时间。
后期副本对玩家的技能链搭配、装备套装选择和心法配置提出了更高要求。由于敌人攻击模式复杂且伤害高，合理的技能链应注重冷却时间循环，确保输出的连贯性，并需要兼顾生存能力。装备方面，后期核心输出套装需与龙套等泛用性强的套装进行合理搭配，以实现输出最大化。心法则需要根据副本敌人特性，灵活选择增伤、生存或控制类的副心法进行组合。
对于后期的体力规划，核心思路是优先投入高收益副本。每日必刷的项目包括昼夜空间的财富空间以获取元宝，以及虚空裂隙副本以获取套装武器、心法进阶材料和五圣祝福刻印等关键素材。罪恶裂隙虽然难度较高，但能产出高级材料和装备，建议量力而行。玩家应将体力主要用于这些日常和周常的高价值副本，以高效积累后期成长所需的全部资源。
