玩家在火影忍者手游中达到等级上限后，游戏体验并非就此停滞，一个被称为修罗等级的系统会自动开启，此系统将玩家后续获取的经验值转化为修罗经验，用于提升修罗等级并解锁修罗天赋，从而持续获得生命、攻击和防御属性的小幅战力加成，这为挑战更高难度的副本奠定了额外的实力基础。
达到满级并积累一定战力后，玩家能够解锁的第一个重要团队副本是尾兽战场，这是一个145级开放的高阶挑战，需要玩家组队与人柱力、尾兽等强大敌人正面对抗，成功通关后主要奖励为145级的传说究忍具，而在更高难度的修罗模式中，还有几率额外获得全新部位的挂件和坠饰传说究忍具。
另一个标志性的满级后团队副本是忍界大战团本，该副本包含四个循序渐进的关卡，对团队配合与个人战力均有较高要求，通常需要队伍平均战力达到七百万以上，副本流程从击败白绝大军开始，随后各小队需分别应对不同的boss，最终关卡需要应对尾兽化的强敌，并注意在限定时间内同时击败具有复活机制的对手，非常考验团队的协调与输出节奏。
秘境探险副本也是满级后提升装备的关键途径，其中包含如烈炎秘境、毒风秘境等不同主题的挑战，这类副本对玩家的战力与抗魔值有明确要求，建议从难度较低的烈炎秘境入手积累基础饰品，副本中的boss拥有独特的机制，例如释放范围火焰或召唤分身，要求玩家在战斗中灵活走位并利用场景中的互动元素来应对。
除了大型团本和秘境，游戏还会高招忍者上线或特定节日，推出带有剧情内容的限时活动副本，这类副本有时会呈现与正式版忍者略有差异的技能效果，为玩家提供新颖的体验，它们不仅是获取限定奖励的渠道，也让玩家能够更深入地融入游戏的最新剧情线之中。
满级后解锁的新副本共同特点是难度显著提升、机制更为复杂且强调多人协作，挑战这些副本前，玩家务必仔细检查自身的装备强化程度、忍具饰品搭配以及通灵兽和秘卷技能的配置，在实战中则需要观察首领的攻击模式，合理运用技能无敌帧规避伤害，并明确团队中各成员的职责，通过不断熟悉机制与优化战术来攻克难关。
