云洞是连接不同区域或隐藏着收集要素的特殊通道，掌握正确的飞行技巧与路线规划是成功穿越的关键。穿越云洞前，确保飞行能量充足至关重要，能量可以通过收集地图上的光点或接触蜡烛、鸟群、蝴蝶等光源来补充。飞行时需灵活切换垂直上升与水平滑翔模式，前者能有效突破云层障碍，后者则适用于长距离的云海穿越。面对密集的云层，提前观察其分布形态，较薄的区域可直接穿越，而厚重处建议绕行或寻找缝隙通过。若在飞行途中能量不足，可以尝试降落在云层的凸起处进行恢复，但需注意并非所有云团都能站立。
针对不同地图的云洞，进入方法各有窍门。例如晨岛的云洞位于城堡右侧，玩家飞入该场景后，需要点亮区域内所有的小光点，随后在特定位置长按角色约两秒钟，便会被聚集而来的蝴蝶萦绕并牵引上升，借此可顺利飞抵山洞顶层找到隐藏的小金人。如果从城堡右侧直接起飞因高度限制难以进入，也可以尝试从预言季地图的入口迂回，在晨岛神庙处不进入神庙而是向右飞行，能找到另一个更容易进入的云洞入口。而墓土的云洞则位于古战场区域右侧高塔附近，玩家需要从墓土初始区域一路经过四龙图抵达，利用螺旋上升的方式环绕塔身飞行，并注意观察第三层与第四层云团之间隐藏的入口。霞谷的窥云洞入口则在滑行赛道右侧的隐藏路径中，穿过冰面裂缝即可抵达。
在云洞内部飞行时，掌握一些实用技巧能极大提升成功率。云层本身具有自动补充能量的效果，飞行时无需持续按压按键，仅需控制方向并贴近发光的蓝色云絮或浮石，就能缓慢恢复能量。建议保持中低空平稳滑翔以节省消耗，遇到上升气流时可长按飞行键快速抬升。云洞内的结构可能较为复杂，存在视觉盲区，飞行过程中应保持耐心，避免因视线受阻而频繁改变路线，稳定的节奏比盲目冲刺更有效。可以留意场景中的蝴蝶，通过大叫召唤它们来帮助充能。若不幸迷失方向，可以暂时退出云层重新定位，或寻找如特殊形状的云团、飞鸟等地标作为参照物。
多人协作是应对复杂云洞地形的高效策略。通过与好友牵手，可以共享彼此的能量，显著提高飞行续航能力，这对于新手或能量储备不足的玩家尤为有帮助。部分云洞内设有必须的双人机关，例如晨岛云洞深处的石门和石碓，需要两名玩家同时用蜡烛点亮才能开启后续道路。与伙伴结伴探索不仅能相互照应，还能解决单人无法完成的机制。在穿越如墓土云洞等有冥龙巡逻的危险区域时，合作也能分散风险，利用地形掩体共同躲避追击。
